宏基因组学（Metagenomics）通过全基因组重测序(Whole Genome Shotgun， WGS)，以特定环境中所有微生物基因组为研究对象，获取环境样品中的全基因组DNA，将提取获得的微生物组总 DNA 随机打断为短片段，并构建合适长度的插入片段文库，对这些文库进行双端 (Paired-end，PE) 高通量测序，展示微生物群落结构多样性，微生物群体基因组成及功能，特定环境相关的代谢通路等分析，从而进一步发掘和研究具有应用价值的基因及环境中微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系。宏基因组测序技术规避了绝大部分微生物不能培养、痕量菌无法检测的缺点，因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用。
宏基因组测试流程
